window.close()で確認ダイアログを出さないで閉じる。

window.close()はセキュリティ確保のため、自分自身が開いたウィンドウは警告無しに閉じることができますが、その他のウィンドウを閉じる際は、確認のダイアログが表示される。

window.close() →
window.open("about:blank","_self").close()

同様に、

window.parent.close() →
window.open("about:blank","_parent").close()

window.top.close() →
window.open("about:blank","_top").close()

で警告を非表示にできる。